「理学研究科は、理学部における一般的ならびに専門的教養の上に、理学を研究し、その深奥を究め、かつキリスト教に基づいて人格を陶冶し文化の進展に寄与することを目的とする。」
以下は、この目的を前提とした、学位授与方針である。
博士課程前期課程の教育目標を下記の通り定め、本課程に2年（4学期）以上在学して所定の単位を修得し、かつ研究指導を受けた上、修士論文を提出して、その審査および最終試験に合格した者に、修士の学位を授与する。
博士課程後期課程の教育目標を下記の通り定め、本課程に3年（6学期）以上在学して所定の研究指導を受けた上、博士の学位申請論文を提出して、その審査および最終試験に合格した者に、博士（課程博士）の学位を授与する。優れた研究業績をあげた者については、後期課程に1年（2学期）以上在学すれば足りるものとする。
