「21世紀社会デザイン研究科は、学士課程教育における一般的ならびに専門的教養の上に、社会デザイン学を研究し、その深奥を究め、かつキリスト教に基づいて人格を陶冶し文化の進展に寄与することを目的とする。」
以下は、この目的を前提とした教育課程の編成・実施方針である。
博士課程前期課程は、社会組織理論、コミュニティデザイン学、危機管理学の3つの研究分野からなる。入学者は、上記3つの研究分野のうち異なる分野の2名の教員から研究指導を受けて、修士論文あるいは研究報告書を作成する。加えて、5つの科目群の中から、所定の単位（「社会デザイン学」4単位以上、「社会組織理論」「コミュニティデザイン学」「危機管理学」の3つの科目群から各2単位以上計12単位以上、および2年次研究指導科目である「比較組織ネットワーク学集中演習」2単位を選択必修科目とし、さらに各科目群からの選択科目12単位以上を加えた合計30単位以上）を取得して、各自の研究テーマを深める。1年次7月には研究状況報告会を、2年次5月には研究報告会を開催し、2年次11月には修士論文の仮提出を義務づけている。また、学生は、一定の条件のもとに他研究科や他大学の科目を受講することができる。なお、昼夜開講大学院である本研究科の科目開講時間帯は、社会人学生の科目履修を奨励するために、夜間、土曜に集中させている。
学生は、各自の研究分野に応じて正・副指導教授を定め、その指導のもとに博士論文を作成する。学生は、毎年度、正・副指導教授の担当する後期課程科目を履修することによって研究指導（「博士論文作成指導」）を受け、加えて、主題別研究科目群から少なくとも2科目を履修しなければならない。また、博士論文を提出しようとする者は、それに先立って年2回実施される資格試験に合格した上で、所定の手続きに従って博士予備論文を提出しなければならない。
