「理学研究科は、理学部における一般的ならびに専門的教養の上に、理学を研究し、その深奥を究め、かつキリスト教に基づいて人格を陶冶し文化の進展に寄与することを目的とする。」
以下は、この目的を前提とした教育課程の編成・実施方針である。
各自の研究分野に応じて指導教員を定め、そのもとで「輪講1, 2, 3, 4」（各1単位）、「特別研究（理論）」（3単位）または「特別研究1, 2, 3（実験）」（各3単位）、「修士論文指導演習（理論）・（実験）」（3単位）の指導を受けて研究を行い、修士論文を作成する。加えて、専門分野の先端に触れる選択科目の中から理論系20単位以上、実験系14単位以上を修得し、各自の研究テーマを深める。
各自の研究分野に応じて指導教員を定め、そのもとで「輪講1, 2, 3, 4」（各1単位）、「特別研究1, 2, 3」（各3単位）、「修士論文指導演習」（3単位）の指導を受けて研究を行い、修士論文を作成する。加えて、4つの選択科目群（Ⅰ：無機・分析化学、Ⅱ：物理化学、Ⅲ：有機化学、Ⅳ：集中講義と化学英語）から14単位以上を修得し、各自の研究テーマを深める。また、大学院相互科目（学習院大学大学院自然科学研究科化学専攻の科目）を受講することができる。
各自の研究分野に応じて指導教員を定め、そのもとで「数学研究1,2、3、4」（各3単位）の指導を受けて研究を行い、修士論文を作成する。加えて、専門分野の先端に触れる選択科目の中から18単位以上を修得し、各自の研究テーマを深める。また、大学院数学連絡協議会加盟10大学院で開講される科目を受講することで、幅広く先端分野を学ぶことができる。
各自の研究分野に応じて指導教員を定め、そのもとで「輪講1, 2, 3, 4」（各1単位）、「特別研究1, 2, 3」（各3単位）、「修士論文指導演習」（3単位）の指導を受けて研究を行い、修士論文を作成する。加えて、専門分野の先端に触れる選択科目の中から14単位以上を修得し、各自の研究テーマを深める。
各自の研究分野に応じて指導教員を定め、その研究指導のもとで博士論文を作成する。後期課程での研究を通じて、自らが立案した研究計画に基づいて研究を行い、研究成果のとりまとめ、学会発表や学術論文の出版等を通して、自立した研究者としての力量を身につけることが求められる。研究分野により、連携大学院による外部研究機関との共同研究、理学研究科附属研究センターで推進されているプロジェクト研究への参加などを通して、研究者としての能力を深めることもできる。
